כפר הנוער ניצנה הינו בית לאוכלוסייה מגוונת של חניכים: משתתפי מכינות קדם-צבאיות, בני נוער מהחברה הבדואית וצעירים חרדים מקהילות שונות ברחבי הארץ. פרויקט בית הספר "נווה מדבר" כולל תוספת של כיתות לימוד, מבני הנהלה, חדרי שירותים, מטבחון, חדרי ספח ומרחבים מוגנים. המבנים החדשים מתחברים באמצעות חצר משותפת למבנה בית החינוך הקיים, וישמשו את חניכי המתחם. בנוסף, תוכננו במתחם טריבונות ישיבה להתקהלות והתכנסות באירועים מיוחדים, לצד אזורי שהייה המדורגים בהתאם לטופוגרפיה ההררית, ועשויים מחומרים טבעיים המשלימים את הנוף המקומי ומשתלבים בתוכו.